Mewn cyfweliad efo'r rhaglen Stiwdio ar ÃÛÑ¿´«Ã½ Radio Cymru, dywedodd bod angen ail-strwythuro'r gystadleuaeth er mwyn cyflwyno pedwar neu pum categori.
"Byddai'n well petai 'na gategorïau ar gyfer genres gwahanol, er enghraifft, nofel gyntaf, llyfr plant, barddoniaeth ac yn y blaen," meddai Mr Iwan.
"Mae angen rhannu'r £10,000 o wobr sydd ar gael i'r enillydd. Byddai £5,000 i'r enillydd ac yna £1,000 i enillwyr y categorïau yn well.
"Mae £10,000 yn gythraul o lot o arian i fynd i un lle pan ddyla' ni feddwl am wasgaru fo ychydig bach yn decach."
Awgrymodd hefyd nad ydi gwobr ariannol yn angenrheidiol yn rhoi statws i gystadleuaeth.
"Mae rhoi cymaint o wobr yn taflu pres. Er bod Gwobr Daniel Owen [yn yr Eisteddfod Genedlaethol] yn cynnig £5,000, 'dwi'n meddwl bod 'na fwy o statws i'r Fedal Ryddiaith."
Roedd Mr Iwan hefyd yn feirniadol o'r system sydd yn caniatáu i awduron sydd yn derbyn grantiau ysgrifennu i gystadlu yng nghystadlaethau'r Eisteddfod.
"Mae'n iawn [i gystadlu] yn Llyfr y Flwyddyn, ond os y'ch chi'n cael grant i gyhoeddi, yna dydy cystadlu hefyd ddim yn deg.
"Mae cael grant yn rhyddhau amser i rywun 'sgwennu ac mae hynny'n rhoi mantais annheg iddyn nhw.
"Hefyd, unwaith 'da chi di cystadlu mewn Eisteddfod, ddyla' chi ddim cael cyfle i roi hwnnw i mewn yn y gystadleuaeth flwyddyn nesa.
"Unwaith 'da chi 'di cystadlu a 'di cael beirniadaeth, yna cyhoeddwch neu cadwch o ar y silff," ychwanegodd.
Mae Stiwdio yn cael ei ddarlledu ar ÃÛÑ¿´«Ã½ Radio Cymru pob nos Iau am 1800 BST gydag ail ddarllediad o'r rhaglen am 1830 BST ar nos Sadwrn
